當然水粉畫也和其他畫種一樣有著自身的弱點和局限,例如由于水粉顏料是粉質材料,以及紙張的吸水、吸色性能不同,使顏色在畫面上“干”、 “濕”變化較大,即干后的.顏色往往比未干時的顏色淺,尤其是深顏色部分,而對于亮顏色又必須在涂第二遍顏色時色彩才會最艷麗。另外水粉色彩的銜接較為困難,不宜畫得遍數過多和反復涂改,否則容易產生“臟”、 “灰”、 “粉”的毛病。

水粉畫也不容易長期保存,尤其畫得過厚的部分,時間久了容易脫落。對于初學者來說,必須經過一段實踐,才能逐漸掌握水粉顏色變化的特性,只有越過了這道門檻兒,才能運用水粉畫這一畫種充分展示自己的藝術構想與才華。