副交感神經主要來自迷走神經，在橫結腸以下的結腸和直腸的.副交感神經則來自盆神經。大多數節后神經纖維為膽堿能纖維，一部分副交感神經節后纖維為肽能纖維。一般來講，膽堿能神經興奮使胃腸運動增強，腺體分泌增加。

二、交感神經

交感神經來自脊髓胸5到腰3節段的側角。節前纖維在腹腔神經節，腸系膜上、下神經節交換神經元后，發出節后纖維到胃、腸壁。一般來講，交感神經的節后纖維為腎上腺素能纖維，交感神經興奮對胃、腸運動和消化腺的分泌起抑制作用。

三、壁內神經叢

壁內神經叢包括位于縱行肌和環行肌層之間的肌間神經叢和位于黏膜下層的黏膜下神經叢。由許多神經元和短的神經纖維構成，可完成“局部反射”。